水質(zhì)自動監(jiān)測站的監(jiān)測項目包括水溫、pH、溶解氧（DO）、電導(dǎo)率、濁度、高錳酸鹽指數(shù)、總有機(jī)碳（TOC）、氨氮，湖泊水質(zhì)。自動監(jiān)測站的監(jiān)測項目還包括總氮和總磷。以后將選擇部分點位進(jìn)行揮發(fā)性有機(jī)物（VOCs）、生物毒性及葉綠素a試點工作。水質(zhì)自動監(jiān)測站的監(jiān)測頻次一般采用每4小時采樣分析一次。每天各監(jiān)測項目可以得到6個監(jiān)測結(jié)果，可根據(jù)管理需要提高監(jiān)測頻次。監(jiān)測數(shù)據(jù)通過公外網(wǎng)VPN方式傳送到各水質(zhì)自動站的托管站、省級監(jiān)測中心站及中國環(huán)境監(jiān)測總站。

　每個水站的監(jiān)測頻次為每4小時一次，按0:00、4:00、8:00、12:00、16:00 20:00、24:00整點啟動監(jiān)測，發(fā)布數(shù)據(jù)為最近一次監(jiān)測值。

　每個水站發(fā)布的監(jiān)測項目為pH、溶解氧（DO）、總有機(jī)碳（TOC）或高錳酸鹽指數(shù)（CODMn）及氨氮（NH3-N）共5項。執(zhí)行《地表水環(huán)境質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)》（GB3838—2002）中相應(yīng)標(biāo)準(zhǔn)，對每個監(jiān)測項目的結(jié)果給出相應(yīng)的水質(zhì)類別。總有機(jī)碳（TOC）目前沒有評價標(biāo)準(zhǔn)。為使水質(zhì)狀況表達(dá)容易理解，按水質(zhì)類別將水質(zhì)狀況分為優(yōu)（I、II類水質(zhì)）、良（III類水質(zhì)）、輕度污染（IV類水質(zhì)）、中度污染（V類水質(zhì)）及重度污染（劣V類水質(zhì)）。